STITMA Yogyakarta dalam melakukan penjaminan mutu pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat sejak awal pendiriannya membentuk Lembaga Penjaminan Mutu (LPM) STIT Madani Yogyakarta pada tahun 2018 dengan SK Ketua STITMA Yogyakarta Nomor 13/STITMA/SK/IV/2018. LPM STITMA Yogyakarta memiliki tanggung jawab atas ketersediaan dan keterlaksanaan Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) STITMA Yogyakarta yang terdiri dari Kebijakan Mutu, Standar Mutu, Manual Mutu, dan Prosedur Mutu. Guna menjamin kerterlaksanaan SPMI STITMA Yogyakarta, LPM STITMA Yogyakarta memberlakukan siklus mutu PPEPP yang terdiri dari Penetapan, Pelaksanaan, Evaluasi, Pengendalian, dan Peningkatan Standar Dikti.

Penyusunan dokumen SPMI STITMA Yogyakarta dilaksanakan melalui Work Shop Penyusuan SPMI pada tahun 2018 dengan nara sumber Dr. Hisyam Zaini, M.A. dari Kopertais Wilayah III D.I. Yogyakarta dan Dr. Epha Diana Supandi, S.Si., M.Sc. dari LPM Sunan Kalijaga Yogyakarta. LPM STITMA Yogyakarta dalam rangka menjamin mutu pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat secara periodik melaksanakan program AMI, monitoring dan evaluasi (monev), rapat tinjauan manajemen, dan survey kepuasan di lingkungan STITMA Yogyakarta.

Secara struktur kelembagaan, LPM STIT Madani Yogyakarta bertanggung jawab terhadap Ketua STITMA Yogyakarta. Struktur organisasi LPM STITMA Yogyakarta terdiri dari Ketua LPM, Sekertaris LPM, dan Staf LPM. Guna menjalankan penjaminan mutu di tingkat Prodi, LPM STITMA Yogyakarta memiliki koordinator Gugus Kendali Mutu (GKM) Prodi yang dipimpin oleh Ketua Prodi STITMA Yogyakarta. Saat ini, LPM STITMA Yogyakarta konsisten melaksanakan tugas penjaminan mutu dengan salah satu upayanya membangun web LPM STITMA Yogyakarta sebagai media sosialisasi dokumen mutu STITMA Yogyakarta kepada pihak-pihak yang terkait.